全基因组相关研究已经在150多个基因组区域中发现了乳腺癌风险变异,但是潜在风险的机制仍然很大程度上是未知的。近日,英国剑桥大学Alison M. Dunning、美国哈佛大学陈增熙公共卫生学院Peter Kraft等研究人员,对150个乳腺癌危险区域进行了精细定位,从而确定了191个可能的靶基因。研究人员定义了205个独立的风险相关信号,每个信号中都有一组可靠的因果变体。同时,使用了贝叶斯方法(PAINTOR),该方法结合了遗传关联、连锁不平衡和丰富的基因组特征,以确定具有较高因果关系的后验概率。潜在的因果变体在活性基因调节区和转录因子结合位点中明显过量表达。研究人员利用基因表达(表达定量性状位点)、染色质相互作用和功能注释,将INQUSIT流水线用于优先考虑那些潜在因果变异的基因。已知的癌症驱动因子、在发育、凋亡和免疫系统中的转录因子、以及DNA完整性检查点途径中的基因都被最高置信度的目标基因所涵盖。
Laura Fachal, Hugues Aschard, Jonathan Beesley, et al. Fine-mapping of 150 breast cancer risk regions identifies 191 likely target genes. Nature Genetics, 2020.
DOI: 10.1038/s41588-019-0537-1
https://www.nature.com/articles/s41588-019-0537-1