单细胞基因组学对于绘制肿瘤生态系统至关重要。尽管单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）可以分析从新鲜肿瘤中分离的细胞中的RNA，但仍需要单核RNA-Seq（snRNA-Seq）来分析冷冻或难分离的肿瘤。每一种都需要针对不同的组织和肿瘤类型进行定制，这为采用提供了障碍。有鉴于此，美国麻省理工学院Aviv Regev、Orit Rozenblatt-Rosen等研究人员，开发了新单细胞工具可用于新鲜和冷冻人类肿瘤的分析。

本文要点

1）研究人员开发了系统型工具，即分别使用单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）和单核RNA-Seq（snRNA-Seq）对新鲜和冷冻的临床肿瘤样品进行分析。研究人员分析了23个标本中40个样品的216,490个细胞和细胞核，这些标本涵盖了八种不同组织和样品特征的肿瘤类型。

2）研究人员通过细胞和细胞核质量、恢复率和细胞组成评估了方案。匹配样品中的scRNA-Seq和snRNA-Seq可得到相同的细胞类型，但比例不同。

这一工作为广泛的肿瘤研究提供了指导，包括从其他肿瘤工具中测试和选择方法的标准，从而为绘制肿瘤图谱铺平了道路。

参考文献：

Michal Slyper, et al. A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors. Nature Medicine, 2020.

DOI：10.1038/s41591-020-0844-1

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0844-1