由于文库制备过程中捕获、连接和扩增中的序列依赖性偏差,当前的下一代RNA-seq方法无法提供样品中小RNA的准确定量。有鉴于此,美国麻省理工学院的Bo Cao、Peter C. Dedon等研究人员,开发出AQRNA-seq技术,实现细胞小RNA图谱的定量绘制。
本文要点
1)研究人员提出了一种方法,即绝对定量RNA测序(AQRNA-seq),该方法可最大程度地减少偏差,并为样品中所有小RNA的测序读取数和拷贝数之间提供直接的线性相关性。
2)使用963个成员的microRNA参考文库,不同长度的寡核苷酸标准品和RNA印迹,研究人员对文库的制备和数据处理进行了优化和验证。
3)将AQRNA-seq应用到一组人类癌细胞中,研究人员发现在癌症进展过程中可检测到超过800种可检测到的miRNA。
4)而在应用于细菌转移RNA库的过程中,尽管面临着二级结构和大量修饰的挑战,研究人员揭示出tRNA同受体水平的80倍变化、应激诱导的位点特异性tRNA片段化、定量修饰图谱以及应激诱导的且tRNA驱动的密码子偏向翻译。
本文研究的AQRNA-seq技术提供了一种通用的方法来定量绘制细胞中的小RNA图谱。
参考文献:
Jennifer F. Hu, et al. Quantitative mapping of the cellular small RNA landscape with AQRNA-seq. Nature Biotechnology, 2021.
DOI:10.1038/s41587-021-00874-y
https://www.nature.com/articles/s41587-021-00874-y