可转座元件（TE）调节着从早期发育到癌症的各种生物过程。年轻的TE表达很难用第二代单细胞测序技术来测量，因为它们的高度重复性意味着短的互补DNA读数不能明确地映射到一个特定的基因座。有鉴于此，英国剑桥大学的John C. Marioni、Rebecca V. Berrens等研究人员，利用CELLO-seq检测单细胞中转座元件的特定位置表达。

本文要点

1）CELLO-seq（Single CELl LOng-read RNA-sequencing）将长读单细胞测序与与计算分析相结合，可用于测量可转座元件（TE）在独特位点的表达。

2）研究人员使用CELLO-seq来评估了TE在二细胞小鼠卵裂球以及人类诱导多能干细胞中的广泛表达。

3）在这两个物种中，老的和年轻的TE都显示了基因座特异性表达的证据，模拟显示只有小鼠中的少数非常年轻的元件不能以高置信度映射到参照上。

4）单个元件的表达和潜在调节因子之间的关系显示出巨大的异质性，一类中TE显示了不同的相关模式，并表明了不同的调节机制。

参考文献：

Rebecca V. Berrens, et al. Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq. Nature Biotechnology, 2021.

DOI：10.1038/s41587-021-01093-1

https://www.nature.com/articles/s41587-021-01093-1