分子进化的无限位点模型认为,基因组中的每个位置最多发生一次突变。通过限制可能的突变历史、单倍型和等位基因的数量,它构成了肿瘤系统学分析的基石,并且在调用、分期和解释变体或研究整个突变图谱时经常提及。有鉴于此,英国弗朗西斯·克里克研究所的Peter Van Loo、Jonas Demeulemeester等研究人员,发现癌症基因组中的双等位突变可揭示局部突变的决定因素。
本文要点
1)研究人员在泛癌全基因组分析研究的559个(21%)批量测序样本中发现了18,295个双等位突变,即同一碱基在两个亲本上独立突变。
2)双等位突变揭示了E26转化特异性(ETS)和活化T细胞核因子(NFAT)结合位点的紫外线损伤热点,以及POLE突变体和其他癌症中的高变异模体。
3)研究人员制定了变体查询的建议,并提供了建模和检测双等位突变的框架。
本文研究结果突出了对突变率和肿瘤演化的准确模型的需求,以及从测序数据中推断它们。
参考文献:
Jonas Demeulemeester, et al. Biallelic mutations in cancer genomes reveal local mutational determinants. Nature Genetics, 2022.
DOI:10.1038/s41588-021-01005-8
https://www.nature.com/articles/s41588-021-01005-8