虽然CRISPR筛查有助于发现调控许多细胞内在过程的基因，但现有的方法对于识别细胞外基因的功能是不理想的，特别是在组织背景下。有鉴于此，美国西奈山伊坎医学院的Brian D. Brown等研究人员，利用空间CRISPR基因组学揭示肿瘤微环境的调节因子。

本文要点

1）研究人员开发了一种叫做Perturb-map的空间功能基因组学方法。

2）研究人员应用Perturb-map在一个肺癌小鼠模型中平行敲除了数十个基因，并同时评估了每个敲除基因如何影响肿瘤生长、组织病理学和免疫组成。

3）此外，研究人员将Perturb-map和空间转录组学匹配，对CRISPR编辑过的肿瘤进行无偏倚的分析。

4）结果发现，在Tgfbr2基因敲除的肿瘤中，肿瘤微环境（TME）被转化为纤维粘液状态，T细胞被排除在外，同时出现TGFβ的上调以及TGFβ介导的成纤维细胞激活，这表明癌细胞上TGFβ受体的丧失增加了TGFβ的生物利用率及其对TME的免疫抑制作用。

本文研究表明，Perturb-map在组织内能够以单细胞分辨率进行功能基因组学研究，而且保留了空间结构，并提供了关于癌细胞的TGFβ反应性如何影响TME的认知。

参考文献：

Maxime Dhainaut, et al. Spatial CRISPR genomics identifies regulators of the tumor microenvironment. Cell, 2022.

DOI：10.1016/j.cell.2022.02.015

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00195-7