单细胞RNA测序方法可以分析单细胞的转录组，但不能保留空间信息。相反，空间转录组学分析可以分析组织切片中的空间位置关系，但无法达到单细胞分辨率。有鉴于此，美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心的Nicholas E. Navin等研究人员，揭示了组织中单细胞转录组空间图。

本文要点

1）研究人员研发一种称为CellTrek的计算方法，它将单细胞RNA测序和空间转录组数据集结合起来，通过共嵌入和度量学习方法实现单细胞空间映射。

2）研究人员使用模拟和原位杂交数据集对CellTrek进行了基准测试，证明了它的准确性和稳健性。

3）然后，研究人员将CellTrek应用于现有小鼠大脑和肾脏的数据集，表明CellTrek可以检测不同细胞类型和细胞状态的拓扑模式。

4）研究人员对两个导管原位癌组织进行了单细胞RNA测序和空间转录组学实验，并应用CellTrek来识别仅在不同导管中存在的肿瘤亚克隆，以及与肿瘤区域相邻特定T细胞的状态。

本文研究数据表明，CellTrek可以准确地映射不同组织类型中的单个细胞，以解析它们的空间位置。

参考文献：

Runmin Wei, et al. Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues. Nature Biotechnology, 2022.

DOI：10.1038/s41587-022-01233-1

https://www.nature.com/articles/s41587-022-01233-1