由于无序的蛋白质(IDPs)具有高度的动态特性结构集合而不是静态的独特结构,对IDPs的结构描述仍然是理解其功能机制的一个主要障碍。目前有一些先进的计算方法可以从预生成的结构库中选择最优的组合,但是对于大型IDPs来说效率仍然很低。在此基础上,Liu等人提出了一种用于确定整体结构的匹配跟踪遗传算法(MPGA),该算法利用匹配跟踪的优点,减少了对蛋白类型的约束和限制。与传统的GA相比,MPGA对大型IDP的计算时间要少得多。研究者通过应用于306个氨基酸的机械传感蛋白质领域的整体确定,论证了该方法的实用性。
Liu, W., Liu, X. et al. A Method for Determining Structure Ensemble of Large Disordered Protein: Application to a Mechanosensing Protein.
Journal of the American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.8b04792
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.8b04792