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目前人们开发了许多低温电子显微镜的谱图解析蛋白质结构的方法,但是这些方法在解析RNA结构中仍然具有挑战。
有鉴于此,华中科技大学黄胜友、肖奕等开发了EMRNA技术,这种技术能够从低温电子显微镜的谱图中准确并且自动的对RNA结构全部的原子进行解析。
本文要点
(1)
EMRNA集成了基于深度学习的核苷酸检测、考虑序列和二级结构信息的三维骨架追踪和评分,以及RNA结构的全原子构建。
作者在140个核苷酸数为在37和423区间内的RNA图谱进行结构解析,EMRNA的分辨率达到2.0–6.0 Å,并且将EMRNA与auto-DRAFTER、phenix.map_to_mode和CryoREAD技术的分辨率进行比较。EMRNA的中值精度为2.36 Å,TM-score得分为0.86。比较结果说明auto-DRRAFTER技术的分辨率为6.66 Å,TM-score得分为0.58。
(2)
在构建的模型中,EMRNA表现了93.30%的高残基覆盖率和95.30%的序列匹配。phenix.map_to_mode的残基覆盖率仅为58.20%,序列匹配仅为42.20%,CryoREAD的高残基覆盖率仅为56.45%,序列匹配仅为52.3%。
EMRNA技术具有速度快的优势,能够在3分钟内构建100个核苷酸数的RNA结构。
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参考文献
Li, T., He, J., Cao, H. et al. All-atom RNA structure determination from cryo-EM maps. Nat Biotechnol (2024)
DOI: 10.1038/s41587-024-02149-8
https://www.nature.com/articles/s41587-024-02149-8