通过质谱（MS）的单细胞蛋白质组学允许以高特异性和灵敏度定量蛋白质。鉴于此，来自美国东北大学的Nikolai Slavov、Andrew Leduc等人为了提高其通量，开发了纳米蛋白质组学样品制备（nPOP），这是一种在载玻片上沉积的纳升体积液滴中并行制备数千个单细胞的方法。

文章要点：

1) 该研究开发的这种方法中，重点是它为不同的多路复用MS方法制备样品的灵活性，且使用plexDIA MS多路复用方法的实现，该方法使用非等压质量标签对不同样本中的肽进行条形码标记，以进行数据独立采集，证实了每个人类细胞约3000-3700种蛋白质的准确定量，使用等压质量标签和优先数据采集的单独实施表明，在每个人类细胞800-1200个蛋白质的深度，以每天>1000个单细胞的速度分析了1827个单细胞；

2) 此外，该研究主要是通过使用细胞分配和液体处理机器人CellenONE仪器来实现，并使用现成的耗材，这将有助于广泛采用，nPOP可以应用于所有可以处理成单细胞悬浮液的样品，制备超过3000个单细胞需要1或2天的时间，该研究还为质量控制和数据探索提供度量和软件（QuantQC R包），QuantQC支持nPOP到更高复合物试剂的稳健扩展，以实现可靠和可扩展的单细胞蛋白质组学。

参考资料：

Leduc, A., Khoury, L., Cantlon, J. et al. Massively parallel sample preparation for multiplexed single-cell proteomics using nPOP. Nat Protoc (2024).

10.1038/s41596-024-01033-8

https://doi.org/10.1038/s41596-024-01033-8