ImageJ图像分析软件是美国国家心理健康研究所(NationalInstituteofMentalHealth)开发的免费科学图像分析工具，现广泛应用于生物学研究领域。ImageJ软件可计算选定区域内分析对象的一系列几何特征。分析指标包括：长度、角度、周长、面积、长轴、短轴、圆度、最佳椭圆拟合、最小外接矩形拟合以及质心坐标等。此外，ImageJ软件还支持插件技术，用户可根据自身需求用java语言编写各种几何特征分析程序。

ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由NationalInstitutesofHealth开发的。可运行于MicrosoftWindows，MacOS，MacOSX，Linux，和SharpZaurusPDA等多种平台。其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF,PNG,GIF,JPEG,BMP,DICOM,FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换

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